近年来赤潮在我国时有发生，当赤潮发生时，海水中的某些微小浮游生物大量繁殖，使水体呈红、紫等颜色，并对生物造成危害。赤潮的发生主要是因为生活污水、工业废水等含有过多的氮、磷等富营养物质，引起水体富营养化，导致藻类和其它浮游生物大量繁殖，从而产生严重的危害。在一些工业发达，人口稠密及海湾又比较封闭的地区，赤潮发生的频率比较高。赤潮并非海洋的专利，在内陆湖泊、水流缓慢的河口，也会形成类似的问题。

海平面上升是由全球气候变暖、极地冰川融化、上层海水变热膨胀等原因引起的全球性海平面上升现象。

自1996年6月1日起，为了保护渔业资源，我国在南海海域实施为期60天的伏季休渔制度，休渔期间在南海海域不得有任何渔船作业。

我国在海洋资源的开发利用上已取得了巨大成就，但目前也面临着一些严峻的问题，如海洋灾害频繁、局部海域环境污染加剧、近海渔业资源衰竭等．我国海洋总污染量的80%来自陆地，每年仅沿海工厂和城市直接排入海洋的污水就达100亿吨，其中含有毒物质数百万吨．